在万方进行本科毕业论文查重时，费用是根据论文字数来计算的。一般来说，字数越多，查重费用也会相应增加。具体计算方法一般是按照每千字收费，费用随字数增加而累积。因此，在提交查重前，建议学生提前估算好字数，以便准确了解查重费用。另外，有些机构还会根据查重结果的详细程度来调整费用，所以在选择查重机构时，也要留意相关费用标准。

除了字数外，影响万方本科查重费用的因素还包括论文的相似度和查重深度等。相似度越高，查重费用可能会有所增加；查重深度也会影响费用的计算。因此，在提交查重前，学生应该对论文进行充分的自查和修改，以减少相似度，从而降低查重费用。此外，还可以选择合适的查重深度，根据需要选择不同的查重方案，以达到经济高效的查重效果。